App电子版权认证书和软著是两个不同的概念，但都与软件版权保护有关。
首先，App电子版权认证书是指由中国版权保护中心颁发的一种电子证书，用于证明该App的版权归属及其合法性。一般来说，申请者需要提供App的名称、版本号、开发者信息、App截图等相关资料，经过审核后，中国版权保护中心会颁发电子版权认证书，以证明该App的版权归属及其合法性。
与之不同的是，软著是指软件著作权，是指对软件的版权保护。软著是指软件开发者在完成软件开发后，向国家版权局申请软件著作权登记，以获得法律保护。软件著作权登记的程序是由国家版权局负责，登记后，软件的版权保护就得到了法律保障。
虽然App电子版权认证书和软著是两个不同的概念，但它们都与软件版权保护有关。在保护软件版权方面，软著是一种更为权威、更为全面的证明方式，因为它是由国家版权局颁发的，具有法律效力。而App电子版权认证书则是一种更为便捷、更为快速的证明方式，它可以证明App的版权归属及其合法性，但它并没有法律效力。
总之，软著和App电子版权认证书都是保护软件版权的重要手段，它们各有优缺点，开发者可以根据自己的需求选择适合自己的方式进行版权保护。
