在深圳申请软件著作权的收费主要由两部分组成，一部分是申请费用，另一部分是代理费用。申请费用是指向国家版权局提交软件著作权申请时需要交纳的费用，代理费用则是指由专业代理机构代理申请软件著作权所产生的费用。
一、申请费用
深圳申请软件著作权的申请费用相对较低，主要由申请受理费和登记费两部分构成。
1.申请受理费
申请受理费是指向国家版权局提交软件著作权申请时需要缴纳的费用，标准为每件100元。申请受理费是申请软件著作权必须缴纳的费用，而且无论申请是否成功，该费用均不予退还。
2.登记费
登记费是指软件著作权登记成功后需要缴纳的费用，标准为每件300元。登记费是软件著作权登记成功后需要缴纳的费用，只有获得软件著作权登记证书后，才需要缴纳该费用。
二、代理费用
深圳申请软件著作权的代理费用相对较高，主要由代理机构代理申请所产生的费用构成。代理机构的收费标准不同，一般根据申请软件著作权的难易程度、申请人的资质、代理机构的知名度等因素来定价。
一般来说，代理机构的收费标准主要有以下几种：
1.按件收费
按件收费是指代理机构按照申请软件著作权的件数收取费用。一般来说，代理机构的收费标准为每件5000元至1万元不等。
2.按比例收费
按比例收费是指代理机构按照申请软件著作权的获批概率收取费用。一般来说，代理机构的收费标准为获批概率的1%至3%不等。
3.定额收费
定额收费是指代理机构根据申请软件著作权的难易程度和申请人的资质等因素，确定一个固定的收费标准。一般来说，代理机构的收费标准为每件1万元至3万元不等。
需要注意的是，代理机构的收费标准并不是越高越好，申请人应该选择信誉良好、价格合理的代理机构进行代理申请。
总的来说，深圳申请软件著作权的收费相对较低，但代理费用相对较高。申请人应该根据自身情况选择合适的代理机构，以降低申请成本。
